אנדומטריומה נקראת גם – ציסטת "שוקולד". כאשר האנדומטריוזיס הוא בשחלות, היצטברות הדם יוצרת מבנים ציסטיים הנקראים אנדמטריומה(ות). הדם הישן שבתוך האמדומטריומה מקבל מראה כהה וסמיך ודומה לשוקולד ומכאן שם נוסף של האנדומטריומות-ציסטות שוקולד.